Omikron variánsra bukkant a TritonLabs

A TritonLabs PCR laboratóriumában 2021. december 9-én feltételezett omikron variánsként azonosítottunk egy SARS-CoV-2 RNS pozitív mintát. Nagy Zsófia és Üveges Benjámin biomérnök kollégáink a mintában több különböző tüske fehérje mutáció kimutatására alkalmas PCR reakció segítségével kizárták a delta variánsra jellemző kulcs mutáció jelenlétét, ugyanakkor igazolni tudtak több, az omikron variánsban jelenlévő tüske fehérje mutációt.

Mivel a korábban Európában terjedő új koronavírus variánsokat a delta variáns gyakorlatilag teljesen kiszorította, jó okunk volt a vizsgált mutációs profil alapján azt feltételezni, hogy az omikron variáns első hazai előfordulását találtuk meg. Az eredmény megerősítéséhez szükség volt a feltételezés minden kétséget kizáró bizonyítására szolgáló további vizsgálatra, a vírus teljes örökítőanyagának feltérképezésére (szekvenálására). A szekvenálást a pécsi iBioScience Kft. végezte el számunkra, melynek során megerősítést nyert, hogy a minta az új koronavírus B.1.1.529 (Omikron) törzsét tartalmazta.

Az általunk vizsgált kulcsmutációk alapján december 9. és 20. között 25 pozitív esetet azonosítottunk feltételezett omikron variánsként PCR laboratóriumunkban, mialatt az elsőként megtalált RNS minta szekvenálása folyamatban volt. Adataink alapján a laboratóriumunkba érkező minták között december közepéig 1-1 minta volt feltételezhetően omikron variáns a mutációs profil alapján, míg a Karácsony előtti hétvégén már 8 esetben született ilyen eredmény.

Laboratóriumunkban 2021 tavasza óta végzünk variáns tipizálást, melynek során az iBioScience Kft.-vel együttműködésben 2021 nyarán sikeresen azonosítottuk a ritka C.36.3 új koronavírus variáns első, idáig egyetlen igazolt hazai előfordulását is.